支原體肺炎首選的抗生素是大環內酯類藥物，包括傳統的紅霉素，也包括新大環內酯類的藥物，例如羅紅霉素、阿奇霉素等。對于大環內酯類藥物不敏感的患者，還可以選擇呼吸喹諾酮類的藥物進行治療，主要包括左氧氟沙星、莫西沙星等。在治療時要注意頭孢類、青霉素類的抗生素對于支原體感染無效，因為此類抗生素作用的靶點都是病原體的細胞壁，而支原體是沒有細胞壁的病原體。所以在支原體感染時，可以選擇大環內酯類抗生素，也可以選擇呼吸喹諾酮類的抗生素，但首選的是大環內酯類的抗生素。但是需要注意的是我國目前肺炎支原體對于大環內酯類的抗生素的耐藥率比較高，所以在選擇用藥時要慎重進行，密切的觀察患者的狀態，及時調整治療。