繼發性真性紅細胞增多癥患者的預后與病因相關。繼發性紅細胞增多癥患者存在很多原發疾病，例如肺氣腫、肺心病。如果將原發疾病糾正或改善以后，紅細胞增高隨之會得到改善；而瓣膜病在手術治愈以后，紅細胞增多同樣可以改善。 大量吸煙可以導致體內碳氧血紅蛋白增加，使得血氧含量減少，最終導致紅細胞生成增加。而患者戒煙以后，紅細胞增高會有所改善。腎臟囊腫、腎盂積水、腎動脈狹窄如果能夠糾正，紅細胞增多則可以改善。實體瘤，例如肺癌、肝癌治愈以后，紅細胞增高同樣可以改善，甚至紅細胞恢復正常。