扁桃體病毒感染本質是上呼吸道感染的一種表現，因為扁桃體是上呼吸道通路的重要組成部分。扁桃體病毒感染癥狀首先是局部充血、腫大，扁桃體病毒感染不會產生膿性分泌物，只會導致扁桃體局部充血、腫脹。其次是全身的表現，扁桃體病毒感染全身表現與上呼吸道感染全身病毒感染表現相同，有肌肉酸痛、全身乏力，甚至發熱等癥狀。 需要特別指出的是，一種特殊類型的扁桃體病毒感染叫傳染性單核細胞增多癥，主要表現是扁桃體局部腫大，是病毒感染類型，局部疼痛比較明顯，多見于青少年，需要進行積極治療才能有效控制。