陰莖上長小肉疙瘩的治療方法，需根據病因進行選擇，具體如下：1、尖銳濕疣：導致陰莖冠狀溝出現肉芽樣或菜花樣腫物時，通常需要進行激光照射或液氮冷凍治療，多數病人的癥狀會明顯好轉；2、扁平疣：病人出現HPV感染時會在陰莖皮膚表面形成扁平疣，需要進行液氮冷凍治療或激光治療；3、皮脂腺囊腫：通常不需要處理；4、陰莖冠狀溝珍珠狀丘疹：屬于正常生理現象，最常見于20-40歲青壯年男性，在龜頭、冠狀溝表面出現一圈小顆粒，形成冠狀溝小疙瘩樣改變。通常為結締組織增生，不需要處理。此外，尖銳濕疣和扁平疣需要通過醋酸試驗進行鑒別診斷，即用3％的醋酸溶液涂抹于腫物表面，5分鐘如果表面發白，通常提示為尖銳濕疣。