通過核酸檢測診斷新型冠狀病毒肺炎的方法較多，較為常用的是使用試劑條取鼻部或咽喉部深處的細胞進行核酸檢測。多數醫院會采用咽拭子進行核酸檢測，因為咽拭子的取材較為方便。若受檢者的鼻部存在息肉或鼻中隔偏曲等病變，則會影響鼻拭子采樣的成功。除上述兩種方法之外，醫生還可以對受檢者的痰液或從支氣管鏡中取到的下呼吸道分泌物進行核酸檢測。對于不同的采樣部位，核酸檢測的陽性率也存在差異。深部的痰液或下呼吸道分泌物的陽性率較高，而咽喉部核酸檢測的陽性率較低，僅為30%-50%，所以核酸檢測可能需要重復進行。