新生兒病理性黃疸的并發癥主要是膽紅素腦病，膽紅素腦病患兒黃疸大多較嚴重，臨床表現與膽紅素對特定區域損傷有關，多發生在出生后1周以內，最早可在出生后1-2天內出現神經系統癥狀。膽紅素腦病分為急性膽紅素腦病和慢性膽紅素腦病，急性膽紅素腦病又分為三期： 1、警告期：出生后前幾天，兒童可表現為反應略低下、嗜睡、輕度肌張力減低、活動減少、吸吮弱； 2、痙攣期：兒童可表現出易激惹、哭聲高調、拒乳、呼吸暫停、呼吸不規則、呼吸困難、嗜睡以及肌張力增高； 3、恢復期：一般在出生1周后出現，在這一期兒童肌張力增高逐漸轉為肌張力減低，吸吮力和對外界反應逐漸恢復，繼而呼吸好轉，1-2周急性癥狀全部消失。 慢性膽紅素腦病又稱為核黃疸，通常在1歲前出現喂養困難，繼而高調哭聲和肌張力減低，但深腱反射增強，持續頸強直，運動發育落后。一般在6-7歲前安靜時肌張力低下，直到學齡前轉為肌張力增高。典型核黃疸后遺癥包括以下四聯癥： 1、錐體外系運動障礙，表現為手足徐動； 2、聽力異常； 3、眼球運動障礙，眼球轉動困難呈娃娃眼表現； 4、牙釉質發育異常，有綠色牙或棕褐色牙，門齒可有彎月形缺陷。