百會穴位于頭頂部，疼痛原因具體如下：1、顱內器質性病變：對于存在基礎疾病，如高血壓、糖尿病、動脈硬化患者，如果百會穴疼痛需關注腦血管病變。如腦出血或腦梗塞，建議進行頭顱核磁共振檢查同時，聯合頭顱血管核磁共振檢查，明確是否存在器質性病變；2、局部肌肉緊張或無菌性炎癥：可以口服鎮痛藥物緩解，也可以通過局部注射藥物緩解癥狀；3、頸椎病：目前頸源性頭痛發病率較高，而且頸源性頭痛臨床表現復雜多樣，主要由于人頸、肩部軟組織損害以后，刺激枕大神經和耳大神經等穴位引起疼痛。