大黃蟄蟲丸主要的副作用，包括對胃腸道的刺激，因此本身脾胃比較虛弱的人，服用大黃蟄蟲丸會引起非常明顯的胃腸道不適。此外，如果體內有活動性出血或有出血傾向者，服用大黃蟄蟲丸非常容易引起出血。大黃蟄蟲丸中含有較多破血逐瘀作用的藥物，會損傷人體正氣，如果長期服用，容易引起人體正氣的虛耗，從而出現虛證的表現。大黃蟄蟲丸具有祛瘀生新的作用，由大黃、蟄蟲、芍藥、桃仁、黃芩、杏仁、干漆、水蛭、虻蟲、干地黃等藥物組成，可以用于治療五勞過節所引起的血瘀之癥。服用大黃蟄蟲丸應注意中病即止，如果患者血淤、淤積的癥狀改善以后，必須馬上停藥，同時服用具有補益作用的藥物，扶助人體的正氣，所以體質比較虛弱的人使用大黃蟄蟲丸，非常容易損耗人體的正氣。