腦動脈粥樣硬化最容易發生在500μm大小的顱內血管。其實在顱內、頸內動脈系統和椎基底動脈系統都容易發生動脈粥樣硬化導致的血栓，其中動脈分叉口處最容易出現血栓部位，比如在頸總動脈分為頸內動脈和頸外動脈的分叉口處；比如在Willis環，大腦中動脈和大腦前動脈的分叉口處，底動脈起始段，都容易形成血栓。 以上部位容易發生血栓，主要是與其幾何形狀有關，這些分叉處和分叉處的起始段容易形成渦流，在動脈粥樣硬化的基礎上有渦流形成，容易在局部形成血栓。所以在給患者做腦血管檢查時，要重點關注這些部位。