經期同房最大的危害是有可能引起宮腔感染、盆腔感染，因為來月經時子宮內膜脫落，宮腔血管裸露，這種裸露的血管有利于病原菌侵入。另外，宮腔內、陰道內有積血，積血是細菌最好的培養基，所以在月經期同房極易引起宮腔內感染、盆腔感染。這種感染會引起宮腔粘連，可能造成輸卵管堵塞，導致不孕癥，所以建議女性不要在月經期同房。在經期同房會刺激子宮，子宮會收縮，子宮收縮的過程中會有經血倒流，所謂經血倒流是月經血倒流到盆腔中，可能會有子宮內膜進入盆腔，如果子宮內膜種植在卵巢，可能引起卵巢子宮內膜異位癥，也稱為巧克力囊腫；如果子宮內膜種植在盆腔，可能引起盆腔子宮內膜異位癥。