治療腸胃炎有中藥和西藥的消炎藥，中藥常用黃連素，西藥常用氟哌酸(諾氟沙星膠囊)等藥物。革蘭氏陽性菌、革蘭氏陰性菌感染所致，用青霉素類的阿莫西林，及頭孢類或頭孢標識的藥物。但如何使用消炎藥需要根據病情決定，較多時候患者能正常代謝，一天大便不超過3次，雖然有感染，不使用消炎藥也可。消炎藥對身體腸道菌群會有破壞，醫生開具藥物要權衡利弊，必要時再使用，抗生素使用較多并不好。但如果高燒不退，腹瀉一天10-20次，白細胞升高較高，超過12x10^9/L，甚至13x10^9/L，要根據情況選用口服或輸液的消炎藥治療。如果患者能代謝，盡量還是自己代謝出，人體可以將病菌排除體內，恢復自身的健康。