如果腎囊腫出現疼痛，則要尋找疼痛的原因，然后針對原因進行對因治療。腎囊腫常見的疼痛原因，具體如下：1、囊腫長大到一定程度后，會牽拉腎臟的包膜或者壓迫腎盂，這時則會出現疼痛，一般以隱痛為主，因此需要評估腎囊腫的大小和其對腎臟的影響，如果對腎臟有一定影響，則需要處理腎囊腫；2、如果囊內有出血，病人也會感覺到腎區疼痛，這種情況需要檢查出血的量，如果出血量很大，則可能需要外科手術進行干預；3、囊內出現感染，這時要及時給病人抗感染治療，經過積極抗感染治療以后，囊腫的疼痛可以減輕或者消失；4、出現腎結石時，病人也會出現疼痛，這時需要評估結石的大小、結石的位置等，并判斷腎結石應該如何處理。