腎囊腫鈣化首先要跟腎結石進行鑒別，腎囊腫鈣化一般不引起集合系統梗阻，不會引起堵塞，而腎結石是集合系統的結石，結石掉到腎盂輸尿管連接部或神經管底會引起梗阻引起疼痛。腎囊腫鈣化具體成因不明確，可能與囊液里鈣鹽沉積有一定關系，發生后如果沒有癥狀不需要特別處理，除非囊腫較大超過4cm。進行腎囊腫處理的過程中，需同時將鈣化一并處理。最常見的手術方式是腹腔鏡腎囊腫去頂解壓，此為微創手術，術中不放置任何引流管以及導尿管，恢復非常快，術后第一天即可下床活動。 對于多囊腎引起的鈣化也不需要做特別處理，除非引起感染或囊腫較大引起壓迫癥狀，可以采用手術干預，腎囊腫穿刺引流硬化目前不建議，因為容易復發，且一旦穿刺集合系統，容易造成整個腎臟硬化，造成腎功能損害。