龜頭炎患者的病原體不同，所以治療不同。細菌感染引起的龜頭炎，一般應用抗菌素軟膏進行治療，比如紅霉素軟膏；而真菌感染引起龜頭炎，一般需要抗真菌藥治療，比如克霉唑軟膏或者口服氟康唑、伊曲康唑等。另外，無論是細菌還是真菌，保持局部清潔和干燥是治療關鍵，翻轉包皮進行清潔，是非常快速有效的方法，清潔后保持自然干燥最好。 中藥外洗方，用蛇床子、黃芩、金銀花、苦參各30g，黃連、紫草、香附、魚腥草各20g，大黃、川芎、甘草10g，加上冰片4g，煎水外洗患處，這個時候無論是細菌性龜頭炎還是真菌性龜頭炎，都會有效。臨床上龜頭炎細菌和真菌有時不太容易區分，而且有時候是混合感染，這時候就可以發揮中醫藥優勢，中藥無論是細菌還是真菌，皆可外洗。