龜頭炎主要是采用外用藥物直接作用在局部進行治療。常用的標準西藥治療主要是抗真菌的藥物，由于較多的包皮龜頭炎是由于霉菌或者真菌感染所導致，所以通常采用抗真菌或者抗霉菌的藥物，常用藥物包括特比萘芬，環吡酮胺軟膏等，可以改善局部炎癥。 除西藥治療外，還可以采取中成藥或者中草藥治療，常用的中成藥，包括皮膚康洗劑等。中草藥可以采用三黃洗劑，比如大黃、黃連、黃柏、苦參等藥物，都可以有效的達到消炎作用。如果患者合并有包皮過長或者包莖，由于龜頭長時間的無法外露，導致局部的潮濕環境，由于本身原因造成龜頭炎，如果頻繁發作，建議在治療龜頭炎的同時可以做包皮環切術，把包皮切掉，使龜頭完全外露，減少局部的潮濕環境，從而減少龜頭炎的復發。