自閉癥的患兒治療起來相當有難度，自閉癥依據嚴重程度不一樣，作為一種神經發育障礙，患兒的大腦發育或神經細胞發育又非常快速。因此，目前看到的兒童自閉癥的治療主要以訓練為主，訓練需要專門的老師來專門訓練，如訓練聽力、和小朋友的交往、發音、感覺等。所以訓練對于自閉癥患兒是第一位的治療，訓練對于正常患兒都有效果，對于自閉癥患兒更有效。 在臨床上看到目前可以使用比較好的益生菌來調整患兒的胃腸道，改善患兒飲食結構。發現在自閉癥的患兒中，有很多患兒對于某些食物過敏，而食物的過敏的發動是通過胃腸道，而胃腸道中占主導地位的是胃腸道微生物。所以在一定程度上補充或清除掉患兒原來的舊腸道微生物以后，可以補充良好的益生菌，也可以改善。 此外，一定要給患兒神經營養的東西，如深海魚油、歐米伽3、DHA，這些物質在臨床上雖然到目前為止沒有科學的寫入治療指南中間，但在臨床實踐中間能夠看到，如果患兒補充這些東西，與不補充的患兒相比，大腦發育的成熟度，還有臨床表現恢復的成熟度，康復成熟度在一定程度上更好。