亞急性細菌性心內膜炎最主要的并發癥是會引起栓塞，引發栓塞較常見的部位集中在腦。所以，因腦栓塞導致的腦梗死，也是感染性心內膜炎、亞急性感染性心內膜炎中較常見的并發癥。亞急性感染性心內膜炎致病菌最常見的是草綠色鏈球菌，感染心內膜后會引發一系列的臨床反應，以高熱作為最突出癥狀。這類疾病容易發生在本身有心血管疾病的患者身上，比如經過外科瓣膜置換手術或者有先天性心臟病，一旦出現高熱，經過抗感染治療效果不佳，會伴隨全身癥狀。需要完善心臟彩超檢查，注意感染性心內膜炎以及亞急性感染性心內膜炎。疾病有時發展突然會導致意識改變，此時要考慮可能有菌栓脫落，而引發栓塞。菌栓脫落以后，在心臟收縮作用下，會導致菌栓順著血液到主動脈造成栓塞。針對這類疾病需要早期診斷、及時治療。