細菌性心內膜炎患者要盡早、足療程的應用抗生素治療，最多見的感染細菌是草綠色鏈球菌，首選青霉素靜脈治療，對于青霉素過敏的患者可以選擇紅霉素類抗生素。細菌性心內膜炎不像其它部位感染，比如尿路感染、肺部感染等感染，尿路感染可能使用抗生素一周就可以治愈。但是細菌性心內膜炎抗生素的療程較長，大多都在四周以上。首先經驗性的應用抗生素治療，觀察療效怎么樣，同時要通過血培養來確定病原菌，再針對性進行抗感染治療，可以減輕對心臟瓣膜的損害，保護心臟功能，防止和減少并發癥發生。但是對于藥物難以治愈的病原體感染病灶，可以考慮進行外科手術治療。 其它的治療方式包括對于并發癥處理，例如出現心力衰竭，需要進行抗心衰的處理。細菌性心內膜炎多見于有先天性心臟病或者后天性心臟病人群，當細菌進入人體血液之后，隨著血液周游全身各個器官，當流到心臟的時候，因為心房心室壁光滑，不可能在此停留發生感染，但是當瓣膜有炎癥或者損傷時，細菌可以停留下來，再次生長繁殖，引起瓣膜的發炎。另外有先天性心臟病的患者，心臟有缺損，血流經過缺損部位容易停留引起炎癥，所以在治療的時候，要足療程的應用抗生素才能徹底治愈。