尿路感染反復發作的原因，一方面是泌尿系統有些潛在的疾病沒有處理，會招致反復感染。如長期留置尿管，或者存在有腎結石、膀胱結石的這部分病人，因為體內尿液中本身就有異物存在，會導致細菌的定殖。所以應用抗生素等把細菌殺死只是暫時的狀態，停藥之后又會很快地迎來反復。所以如果本身泌尿系統有這些病變，有結石或長期留置導尿管的病人，或者說體內有輸尿管、支架管，或者存在腎輸尿管反流等這些基礎疾病的狀態情況下，尿路感染非常容易反復，或者很難治愈。另一個常見的原因是之前感染治療得并不徹底，如選取的抗生素不太合適，細菌有所耐藥，或者治療療程不夠，過早停藥，都會造成細菌殺滅不徹底，停藥之后可能細菌逐漸繁殖，又很快迎來泌尿系感染的反彈。所以這種情況下，建議根據尿培養的結果選取敏感的抗生素，另外要足量、足療程地進行抗感染治療。