對于睡到半夜腰兩側疼，主要原因包括強直性脊柱炎、腰肌勞損以及腰椎間盤突出，具體如下：1、強直性脊柱炎：導致半夜里腰痛最常見的問題是強直性脊柱炎，疼痛的特點是躺在床上時疼得厲害，起來活動后就好了，而且晚上半夜里疼得厲害，白天反而較輕。如果疼痛符合上述情況，并且又疼痛有3個月以上，需要抽血化驗，即血沉、C反應蛋白、HLA-B27基因，還有骶下關節核磁，從而排除有無強直性脊柱炎引起的睡到半夜腰的兩側疼痛的問題；2、腰背部的肌筋膜炎以及腰肌勞損：其也可能出現睡的床太軟或太硬，還有姿勢不當，從而導致半夜時出現腰的兩側疼痛；3、腰椎間盤突出癥：其壓迫神經、脊髓以及硬膜囊，可以導致在半夜時，腰的兩側疼痛、難忍，從而因為疼痛而醒過來；4、腎臟疾病、輸尿管結石：其在發作時，可以引起腰痛，但通常很少兩側的結石同時發作。