川崎病確切的病因目前不清楚，但是研究與以下因素有關：1、與遺傳因素有關：迄今已經發現了至少10個以上與川崎病發病密切相關的基因，就是有這些基因的孩子，容易得川崎病；2、與感染有關：尤其是和一些呼吸道類病毒，比如流感病毒，目前全世界流行的新型冠狀病毒密切相關，也就是這些病毒感染可以誘發川崎病的發生，也有人研究與鏈球菌感染有關系。但是目前沒有一種病毒或者細菌，能夠完全解釋川崎病所有的表現和疾病的進展；3、與環境因素有關：現在的研究發現，有一些川崎病的孩子與周圍水體有關系，比如全世界川崎病發病率最高的日本，主要是日本是一個島國，四周都是海有很大的關系。而有一些內陸為主的國家，川崎病的發病率沒有日本這么高；4、其他原因：還有其他的一些與川崎病發病相關研究表示和早產有關系，與吸二手煙有一定關系，與一些疾病的因素有一定關系。目前確切導致川崎病的發生的直接病因，并沒有肯定的結論。因為目前任何不管是病毒、細菌還是基因缺陷，都不能完全解釋川崎病所有的表現和病理生理的改變。