四聯療法治療幽門螺桿菌存在的副作用，主要與兩種抗生素、鉍劑有關，包括食欲下降、惡心胃部不適、大便不成形、腹瀉，嚴重時會有皮疹、肝功能異常。另外，鉍劑可以引起大便發黑、頭暈、頭痛的副作用。上述皮疹、食欲下降、大便發黑、輕微腹瀉，都是比較常見的、比較有可能出現的副作用，但大多數癥狀比較輕微，如果只是輕微的食欲下降、大便不成形、大便發黑，建議堅持用完根除幽門螺桿菌治療的藥物，固定療程結束后，癥狀可能就能緩解。但如果上述癥狀持續存在或明顯加重，比如出現嚴重皮疹，建議停藥調整藥物，避免產生嚴重的后果。部分副作用，比如體質比較虛弱的人群或年齡比較大的人，可能出現偽膜性腸炎等副作用。可能停藥也不能緩解，還需要再進行針對性的藥物治療才能緩解，所以用藥的過程中需要注意。