使用四聯療法但幽門螺桿菌未被清除，此時通常不是馬上使用藥物進行進一步的根除，而是應該等待6個月后再用藥殺滅幽門螺桿菌。進行幽門螺桿菌的第二次殺滅時，需了解患者第一次幽門螺桿菌根除治療的具體用藥。患者第一次四聯療法治療不成功，常見原因有以下幾方面：1、耐藥性：即幽門螺桿菌對抗菌素產生耐藥；2、患者順應性查差：用藥時，未按照醫生要求按時吃藥，即患者順應性較差，也可能導致幽門螺桿菌根除治療的失敗。因此如果第一次使用四聯療法進行幽門螺桿菌根除治療失敗，不要馬上再用藥殺滅幽門螺桿菌，而是應該等6個月后，結合以前使用的抗菌素，再挑選曾經未用過的抗生素殺滅用幽門螺桿菌。患者也可以進行抗藥性、耐藥基因的檢測，但該檢測在臨床只有參考意義，并沒有決定性意義。