肝臟微波消融術痛苦較小，相比于外科手術，微波消融術僅有穿刺針針眼，沒有切口，因此術后患者很快可以下床活動。另外，手術時一般采用靜脈麻醉方法，手術過程中患者感覺不到疼痛，部分情況會使用局部麻醉，局部麻醉患者可能會感覺到疼痛。患者感覺到疼痛時告知醫生，醫生會給予止痛藥，患者一般能夠耐受疼痛。 患者手術以后肝區主要是上腹部可能會有輕微疼痛，經過對癥處理后可以緩解。如果是肝癌患者，在進行微波消融術后1-2天可以出院，痛苦較少。但如果恢復不順利，出現感染、出血等情況，需要另當別論，具體情況與并發癥相關。