尖銳濕疣潛伏期短則3周，長可以達8個月，平均是3個月。病毒潛伏期間僅僅是人乳頭瘤病毒，也叫HPV病毒，入侵到生殖器官細胞內，但還沒有長出肉眼可見的疣體。這期間即使做皮膚活檢，組織病理學改變也不是很典型，只有通過分子生物學手段檢測到HPV的DNA，才可以明確診斷。但這種方法臨床上很少用，因為成本很高，并且很多醫院也并沒有開展此項業務。 即使通過檢測明確有潛伏的感染，因為看不到疣體，通過普通激光、冷凍治療也不能治療潛伏感染，只能外涂咪喹莫特或光動力治療，這兩項治療均屬于花費比較高的自費項目，所以在潛伏期間可以不做任何處理。只要在疣體比較小時，也就是早期，發現肉眼可見疣體后，及時進行激光、冷凍等物理治療，療效非常好，可以徹底治愈。