小孩子患自閉癥的原因，目前考慮和以下因素有關系：1、遺傳因素：部分小孩子患自閉癥是由于基因突變，遺傳因素導致；2、孕期免疫功能紊亂：小孩子患自閉癥與在母體內，以及生后存在免疫紊亂有關系，如果母親在孕期免疫功能處于紊亂的狀態，小孩子有可能會得自閉癥；3、腦部結構異常：與小孩子腦部結構出現異常有一定的相關性；4、腸道菌群異常：自閉癥的小孩子腸道菌群存在著明顯問題；5、營養不良：如果小孩子攝入維生素D、二十二碳六烯酸(DHA)等不足，容易患自閉癥。