吸煙對甲狀腺會產生直接或間接地危害，甲狀腺通常會出現各種的疾病，絕大部分和自身免疫相關，吸煙里面的有害物質多達上百種，對免疫系統產生嚴重的損害，如甲狀腺自身免疫性的炎癥、彌漫性的甲狀腺腫伴甲亢，都是和自身免疫相關的疾病。吸煙有可能影響、破壞、降低免疫功能，使得自身免疫性甲狀腺相關疾病發生的風險明顯增加，如彌漫性甲狀腺腫伴甲亢患者，有可能出現甲狀腺相關炎病，如果吸煙有可能加重，炎病的明顯病情。由于煙里面的焦油和尼古丁，會刺激成纖維細胞，產生更多的黏多糖，而且能夠使得白介素1增強，加重甲狀腺眼睛周圍的炎癥反應。甲狀腺疾病的患者無論是否吸煙，都應該遠離吸煙，同時要遠離二手煙。