鹽酸美他環素膠囊主要用于治療感染性疾病，目前在臨床上主要用于部分特殊病原菌所導致的感染性疾病，具體如下：1、立克次體病：如傷寒、斑疹傷寒等；2、衣原體、支原體感染；3、霍亂、鼠疫等感染性疾病；4、替代治療：可以用于青霉素過敏患者的替代治療，比如青霉素過敏患者的梅毒治療，以及中、重度痤瘡的輔助治療。鹽酸美他環素屬于四環素類的抗菌藥物，通過抑制病原菌蛋白質的合成，起到抗菌的作用。四環素類藥品中的美他環素，對多種病原菌都具有抗菌的作用。但是這類藥品，在臨床的耐藥性日趨嚴重，目前主要用于特殊的病原菌所發生的感染性疾病，可以用于立克次體、衣原體、支原體，以及其他非典型病原菌導致的感染。此藥物對部分常見細菌，比如革蘭氏陰性菌、革蘭氏陽性菌，都存在一定的耐藥性。