患者服用益生菌初期無癥狀，通常5-7天才可產生效果。所謂有效即清除消化道不正常菌，而使正常菌有機會生長，通常1周左右可生長到一定比例，患者才會有癥狀改善。若癥狀得到改善說明目前服用的益生菌為消化道需要的益生菌，而具體服藥時間需根據患者急性胃腸炎或腹瀉時間及程度而定，多數患者服藥療程平均為10-14天。若大便出現便秘或干燥，則需使用藥物對菌群進行調整，目前益生菌有收斂作用，但通常不會影響大便性狀或產生較多副作用。另外，益生菌的種類不同對腸道的作用不同，部分可起到補充需要益生菌的作用，部分可使條件致病菌比例下降，還有部分可使正常的菌群有機會生長且恢復正常比例，因此服用益生菌初期3天內通常不會有明顯效果。