患者在服用益生菌以后，反而引起便秘，這種情況可能跟患者本身腸道里就存在著腸道菌群紊亂有關。患者補充益生菌，如果要改善腸道菌群紊亂、改善腸道動力狀況，益生菌起作用的過程相對比較長，對于腸道菌群重新平衡的形成需要過程。在這個過程當中，可能不會有平常以為的作用產生，如某些細菌對患者腸道動力，可能會有促進作用，但可能某些細菌的作用或產生的相應的化合物，對患者的腸道反而是抑制作用。患者通過補充益生菌來促進腸蠕動，可能在最初服用時，并沒有達到患者所希望的菌群平衡。要經過腸道菌群紊亂的情況，就是在原來紊亂的基礎上，補充了益生菌以后，可能又出現新的紊亂，然后益生菌在患者腸道內逐漸的定殖，形成優勢的菌群，才能達到新的平衡。在沒有形成新的平衡之前，可能會出現腸道動力紊亂的情況，表現出便秘。但這種便秘的情況，是短暫的過程，患者可以繼續服用益生菌。同時也可以采用其它食療或使用緩瀉劑，來暫時性的改變、緩解便秘的情況。當益生菌在腸道內建立新的平衡以后，癥狀就會得到改善。