射頻消融目前已經是心律失常的一線治療手段，但它是一個手術，會有并發癥。射頻消融手術的主要并發癥是會誤傷到傳導系統的希氏束，可出現房室傳導阻滯，三度房室傳導阻滯時如果希氏束不能恢復，要裝永久起搏器。最嚴重的并發癥是心臟破裂，這種情況發生率很低。手術的過程中醫生操作手法盡量溫柔，導管移動會相對緩慢，如果采用三維重建，并發癥的出現率會大大降低。