房顫射頻術后的后遺癥主要有以下幾種：1、穿刺傷口有可能出血而形成血腫，血腫消散可能需要一段時間；2、射頻消融術目前可治療陣發性心房顫動、持續性心房顫動小于2年的患者，但治療的策略和方法的成功都不是100%，有一定復發和不成功的情況；3、射頻消融術可能會對左房后壁毗鄰的器官即食道產生影響，可能會造成食道黏膜的損傷，需要在術后1個月流食，而且還要口服胃腸道黏膜的保護劑；4、左房的食道瘺是最嚴重的一種并發癥，也是在手術過程中非常需要注意的情況；5、房顫射頻消融時要打斷心房顫動肺靜脈起源的異位電位，需要將總的控制權交回到竇房結。但是部分患者可能由于心房顫動長期發生，抑制竇房結的功能，或者竇房結功能本來存在障礙，所以非常少患者在房顫射頻術后，可能需要安裝心臟起搏器。雖然房顫射頻術后存在后遺癥或者并發癥，但是不要因為可能會出現這些并發癥而害怕做手術，因為手術對于心房顫動患者還是獲益較大。