經食道超聲算特殊檢查，不像經胸超聲雖然都是對心臟結構和功能的判斷，但是經食道超聲是把探頭經過口腔放入食道內來檢查，經胸超聲是把探頭放在胸壁檢查。經食道超聲雖然不像胸超聲那么舒服，要把探頭經過口腔放到食道里，患者不舒服，但是更清楚地顯示房室腔結構，不受病人肥胖、肋骨的影響。如病人特別胖，或者肺氣腫，再有肋骨遮掩，特別瘦的人肋間隙比較小，這時看心臟結構，往往得不到很好的圖像，經食道就不會受到這些干擾。 它主要是在心臟后方來觀察心臟結構、房室腔的大小。所以圖像更加清晰。如左心耳血栓，經胸看不到，經食道超聲可以看到，還有非常小的卵圓孔未閉等，小的房缺，經食道超聲也可以顯示得更加清楚。