其治療首先需要明確一下感染原因，在一般情況下，當患者出現了尿路感染，特別是男性，最常見的是性傳播疾病，如罹患了淋病，淋球菌感染，這時最好的藥物是頭孢曲松鈉，用該藥即菌必治來治療，口服的話可能應用頭孢克肟來治療；如果是非淋菌性的感染，如支原體、衣原體可以應用大環內酯類藥，如阿奇霉素，可以應用四環素，如多西環素，還有喹諾酮藥物來治療。但是事情往往有另外一面，當患者感染的同時，可能有免疫功能的低下，如同時有糖尿病，容易發生感染；如患者有尿道狹窄或解剖變異等，這些情況都可能是尿路感染的內在原因。在治療這類的尿路感染同時，在應用抗生素的前提下，還需要去改善患者體質，增強免疫力，控制血糖，解除梗阻因素等綜合治療，才能夠很好地控制感染。