兒童如果短時間內出現晨咳，考慮由病毒感染引起，以對癥支持治療為主，一般并沒有特效的抗病毒藥。如果進行檢查，發現炎癥指標顯著增高，痰培養有細菌生長，考慮細菌感染引起，需加用抗生素進行抗細菌治療。還有一部分可能是支原體、衣原體感染引起，則需要加用大環內酯類的藥物，進行抗支原體和衣原體的治療。如果經過普通的抗感染治療后仍咳嗽，且持續時間＞1個月，以干咳為主，需警惕咳嗽變異性哮喘。需進一步完善相關的過敏原檢測、肺功能檢查、呼出氣一氧化氮檢查、胸片檢查等。如果確診為咳嗽變異性哮喘引起的晨咳，則需使用抗哮喘的藥物進行抗哮喘治療，才可真正緩解晨咳癥狀。