功能性消化不良屬于一個疾病的癥候群，治療方案相對而言應因人而異、對癥治療。因為患者的癥狀各不相同，治療也不相同： 1、有些患者癥狀以腹脹為主，在這種情況下，最主要的是給予促動力藥物； 2、有些患者有腹痛，有些可考慮適當應用制酸劑、保護胃黏膜的藥物； 3、有相當一部分患者合并有焦慮、抑郁狀態，可考慮適當使用抗焦慮、抗抑郁藥物，如舍曲林、黛力新等相關藥物。