功能性消化不良的恢復時間因人而異、因病情而異，有的人可能3天、5天就好轉，有的人可能1個月、2個月，甚至半年都不一定恢復。功能性消化不良經常需要做胃鏡、腸鏡或腹部超聲等，除外明顯的器質性的病變，如消化性潰瘍、潰瘍性結腸炎，膽囊炎等。若患者有比較明確的誘因如幽門螺桿菌(Hp)感染，這類患者在根除Hp后，可以很快，如3天、5天就會出現腹痛、腹脹、噯氣等癥狀緩解的情況。少數患者病因學不太明確，甚至存在心理相關性壓力或工作原因引起的消化不良，此時可能經過幾個星期、1-2個月甚至半年的治療，恢復效果都不太好。