一般先天性房間隔缺損手術，因為其是簡單先心病，與復雜先心病相比，其手術風險可能就比較小。但是同其他手術相比，因為畢竟是心臟手術，如果涉及開放性手術，開胸治療，手術風險又相對比較大，所以要比較。綜合上，如果心臟手術不是進行開放手術，而是進行封堵治療、微創治療，手術風險就會更小，通過比較短的進入血管進行操作，風險更小。所以總體上整個心臟房間隔缺損手術的風險風險不大，唯一就是有的手術時機比較邊緣化，如肺動壓力已經很高的重病人，這種手術風險很大，甚至有的病人，如早些時候聽聞的艾森曼格的病人。當然沒有手術指證是不應該進行手術，做了以后其實也不能存活。實際上還是應該早做，早期發現、診斷，最后早期進行根治，最后風險反而會更小，不會構成比較明顯的、大的紕漏。