皰疹性咽峽炎與手足口病的區別就在于感染的病毒、臨床表現不一樣，具體如下：一、臨床表現不同：1、皰疹性咽峽炎：是單純以口腔頰黏膜、咽峽部出現皰疹為主要表現，并伴有發熱癥狀的自限性疾病；2、手足口病：在手、腳、手心、腳心、口腔部位出現皰疹，重癥手足口病主要合并腦干腦炎的表現，會出現明顯的抽風、驚厥、心血管系統的不穩定，甚至影響到生命，還會出現神經性的肺水腫。二、感染病毒不同：1、皰疹性咽峽炎：很少由腸道病毒感染引起，主要是柯薩奇病毒感染所引起，且沒有重癥的皰疹性咽峽炎；2、手足口病：手足口病雖然也是柯薩奇病毒和腸道病毒感染引起，但是部分由腸道病毒所引起否重癥表現，稱為重癥手足口病。這是二者最大的區別，此部分重癥又具有生命危險性，因此鑒定二者有一定意義。