臨床上補體C1q是風濕免疫科常做的檢查項目，其水平與補體激活途徑及C1明確相關，補體C1q偏低通常提示合并自身免疫相關疾病。補體C1q通常與補體C3、補體C4一起檢查，檢查后相互做印證和參考。補體C1q偏低通常與自身免疫病，尤其是系統性紅斑狼瘡、狼瘡性腎炎等相關，可幫助做相應診斷，但不是唯一診斷標準，也不是特異性較強的診斷標準，可與其他標準互相印證，增加自身免疫病的診斷把握性。疾病監測過程中也會監測補體狀況，如果補體逐漸恢復正常，通常提示疾病控制得更加穩定。