補體C1q水平降低臨床上可見于多種疾病，如系統性紅斑狼瘡、系統性血管炎、干燥綜合征等自身免疫性疾病，也可見于肝臟合成功能不良等原因。補體C1q降低并非明確診斷指標，無法僅根據該水平確定患者存在以上疾病。此外，需排除是否存在實驗室誤差造成補體C1q水平測量值稍低，若通過多次監測明確存在持續補體水平降低，同時符合以上疾病的其它臨床特點，如口腔潰瘍、脫發、皮疹，以及頰部紅斑、盤狀紅斑等，再結合其它自身抗體檢查及系統受累，可明確診斷為系統性紅斑狼瘡時，若補體水平仍降低，通常提示疾病活動。但也有部分患者存在臨床穩定而血清學活動的特殊情況，需進行鑒別。