腦垂體囊腫是手術風險相對比較低的一類手術。因為大部分腦垂體囊腫體積不會非常巨大，而且這部分囊腫通常與正常的垂體之間，有比較清晰的界限。在手術過程中，雖然對正常垂體可能有一定的牽拉，會造成患者術后出現一過性的垂體激素異常。但是一般，這種異常的發生率并沒有那么高，而且即使出現一段時間的垂體激素異常，通常在很短的時間內就能恢復到正常狀態。也有一些患者在囊腫切除過程中，對垂體炳有騷擾，術后會出現一過性的尿崩癥，對于尿崩癥的出現也可以通過口服藥物進行很好的控制，通常在2周之內都能完全恢復到正常。另外一些患者在經鼻蝶入路的囊腫切除手術之后，有可能會出現腦脊液鼻漏的情況。可以通過腰大池引流的方法適當控制，大部分患者腦脊液鼻漏的情況，也能夠得到比較理想的控制。由此可見，腦垂體囊腫手術基本上是風險可控，治療效果比較好的一類手術。對于腦垂體囊腫比較大、影響到正常垂體功能時，或者壓迫視神經、視交叉造成患者視力障礙時，可以比較安全的進行神經外科手術治療。