女性雌激素水平低的原因可以分為生理性和病理性，青春期前或者絕經后女性的雌激素水平通常比較低，屬于正常的生理狀態。病理性因素主要發生于育齡期女性，可能是由于先天性原因和后天性原因所致。先天性原因包括各種原因導致的卵巢發育異常，比如染色體因素或者畸形因素。后天性原因主要包括其他內分泌疾病，比如甲狀腺功能異常或者腎上腺素皮質異常，可能會導致卵巢功能受到抑制，雌激素水平降低。出現下丘腦或者垂體疾病時，也可能會導致促性腺激素的分泌不足，導致卵巢功能下降，出現雌激素水平降低。如果出現產后大出血，造成垂體壞死，表現為席漢綜合征，雌激素水平也會降低。卵巢早衰患者由于卵巢過早衰竭、功能下降，也會導致雌激素水平降低。