慢性腎盂腎炎最嚴重的并發癥是腎功能不全，導致尿毒癥。慢性腎盂腎炎和急性腎盂腎炎完全不同，雖然同屬于腎盂感染，但是急性腎盂腎炎有明確癥狀，而且急性腎盂腎炎經過治療好以后，有相當多部分病人可以好轉。慢性腎盂腎炎是慢性的進展性疾病，大概有一半病人繼發于急性腎炎，另外還有一半病人找不到具體病因。病人可能沒有明確表現，有的可能有腰部隱痛，有些沒有任何疼痛，可能平時有腰麻、腰脹的感覺。炎癥逐漸向前進展，導致腎盂腎盞出現瘢痕，瘢痕收縮后對腎臟組織會造成牽拉，讓病人做腎臟超聲可以看到腎臟變形。隨著腎臟不斷受到牽累，病人會出現腎功能不全的情況，有些嚴重的可以發展到尿毒癥。尿毒癥是慢性腎盂腎炎最嚴重的并發癥，發現慢性腎盂腎炎的病人，也可以考慮抗感染治療。根據尿培養結果選擇抗菌素，有時需要給病人小劑量、長療程的抑菌治療，來治療慢性腎盂腎炎，避免嚴重并發癥的發生。