慢性腎盂腎炎的臨床表現不十分典型，有的甚至十分隱匿。患者可以有腰酸的癥狀，部分患者可以出現雙下肢的間斷水腫。在病情發作的時候，可以出現尿頻、尿急等尿路刺激癥狀。慢性腎盂腎炎的患者，既往可以有反復的泌尿系感染的發作，如果做影像學的檢查，可以發現腎盂、腎盞的變形，尿檢可以有白細胞，可以有白細胞的管型。如果做中段尿培養，可以發現有細菌生長。由于慢性腎盂腎炎的病情比較隱匿，所以容易被忽視。如果隨著慢性腎盂腎炎的進展，不給予積極的干預治療，患者可以出現慢性腎功能衰竭。到了慢性腎功能衰竭的階段，患者除了有高血壓之外，還可以有小管間質損傷的表現，比如夜尿增多。同時還可以有腎功能衰竭的其它癥狀，比如消化道癥狀、貧血等。