女性發生肛瘺的原因和男性相同，都是由肛腺感染引起，而肛腺感染通常以肛門后位為主。肛門周圍感染由后位肛腺引起的感染比較多見，也有的瘺形呈馬蹄形，向肛門左側、右側蔓延。但女性因為前方有陰道，所以容易出現一種特殊的瘺管，即感染到肛門前位膿腫，很容易從直腸前壁間隙感染陰道，甚至從陰道破潰形成肛門陰道瘺。 肛門陰道瘺是女性肛瘺少見且復雜的一種疾病，所以在治療上與普通高位肛瘺、普通肛瘺治療方法截然不同。雖然發病率不高，但手術需要更高的技巧性，在愈合方面，還要關注直腸和陰道完整性，所以手術需要比較慎重。