生化妊娠是早期流產，多數原因與胚胎自身發育異常，如胚胎染色體異常相關，屬于自然界的優勝劣汰。有時也與父母雙方染色體異常，以及媽媽的特異疾病相關，如抗磷脂綜合征等，需要作出鑒別和處理。若只發生1次生化妊娠通常不需要查找原因，屬于自然界的優勝劣汰，若連續2次以上發生生化妊娠，應查找原因給予處理。臨床需要檢查父母雙方染色體，看是否存在染色體異常，但是多數情況下不會出現染色體異常。若發現染色體異常，建議在下次妊娠時行三代試管嬰兒，挑選染色體合格、基因合格的胚胎再移植，可以改善妊娠結局。也應檢查媽媽的相關抗體，排除抗磷脂綜合征。如果相關抗體陽性，如心磷脂抗體、β2糖蛋白1、狼瘡抗凝物陽性，此時可診斷為抗磷脂綜合征，在下次妊娠時應給予抗凝治療，可改善預后。