臨床上，藥流適合于早孕7周內終止妊娠，進行藥流的孕囊要在2.5cm以內，此時進行藥流成功率較高。若孕期超過7周，孕囊>2.5cm，甚至已經產生胎心、胎芽，則藥流的成功率相對較低，失敗率增高。此時就不適合使用米非司酮以及米索前列醇序貫進行口服，有效地引起宮縮來排除妊娠物進行流產。懷孕7周以內且孕囊在2.5cm以下的女性，可以進行藥流，成功率可達到90%以上。若女性懷孕超過7周且孕囊>2.5cm，則藥流的失敗率會>10%，甚至達到20%。藥流一旦失敗，還需重新進行清宮以及人工流產，此時藥流就失去有效性和安全性，且副作用更大。