甲硝唑可以用來治療鼻竇炎。鼻竇炎常常因為厭氧菌感染導致，患者經常主訴鼻部流黏膿性、帶臭味的鼻涕，推測大概是厭氧菌感染。而且甲硝唑對厭氧菌具有強烈殺菌作用。從鼻竇的解剖而言，鼻竇往往竇腔較大，竇口相對狹小，在炎癥狀態下，竇口黏膜發生充血腫脹，造成竇腔成為死腔，容易激發厭氧菌感染。這種類型的鼻炎，選擇抗生素時，加用甲硝唑會收到明顯的臨床效果。鼻竇炎在臨床上很常見，表現為鼻塞、流涕、頭疼，治療方面首選抗生素配合甲硝唑治療，中成藥物的應用在鼻竇炎治療中起到重要作用，如鼻竇炎口服液、鼻淵通竅顆粒、蒼耳子膠囊等。鼻部滴藥能緩解鼻腔通氣狀態，緩解鼻腔炎癥，常用的如呋麻合劑、羥甲唑啉，能夠建立鼻竇通暢引流。所以鼻竇炎的治療采取綜合治療，效果良好。