ERCP取石以后后遺癥實際上是并發癥。分為短期和遠期，短期即出血、穿孔、重癥胰腺炎還有術后感染，有可能1周之內出現。而且有短期并發癥比較嚴重，但發生率非常低在2‰以下。 還有一種遠期，比如遲發性穿孔或遲發性出血。做完ERCP2周時，病人會突然出血，實際上無其它原因，只是進行ERCP手術可能出現這種情況。有可能病人出院后，因為這種情況又回到醫院，首先進行內鏡下處理，99%都能處理好。對于遠期并發癥，實際上內科醫生也可以進行ERCP手術，但內科與外科所爭論問題是對于十二指腸乳頭切開問題。一開始ERCP沒重視十二指腸乳頭切開問題，但是現在有可能造成術后反流性膽管炎或者長期反流造成其它疾病。現在做ERCP醫生越來越重視對于乳頭肌切開，而且跟外科大夫一起要共同防治改進ERCP操作方法。比方說現在用乳頭球囊擴張來代替切開，有利于術后乳頭肌功能恢復，對病人遠期生活改善會有很大好處。